深圳飞斗湖，行李直挂。在吉隆坡转机走直通通道，不入境。然后在斗湖办理过境签飞印尼可以吗？

不可以。按照题主的说法行程应该是：深圳-吉隆坡-斗湖-印尼。注意：吉隆坡和斗湖都属于马来西亚领土。
按照马来西亚的规定：1、过境签仅能在吉隆坡机场办理，过境签提供的机票必须是KLIA或KLIA2起飞离开马来西亚的机票；2、过境签不可以去东马（包括亚庇和斗湖）。题主的行程虽然表面上看总体上有过境性质，但实际上已经不符合过境签证要求。题主必须办理马来西亚签证（旅游签或EVISA电子签证）。